Zone de Texte: La direction des Séminaires (1809-1817) 
Pendant son ministère à Fareins, l’avenir des séminaires se dégrade. Le cardinal repousse l’invite du Gouvernement de placer les aspirants au sacerdoce des petits séminaires comme internes dans l’Université d’État nouvelle et en plein essor. Pour le cardinal Fesch, « l’Université c’est comme une caserne : on y élève des soldats et moi je veux des prêtres. » Il porte donc un soin tout particulier à la nomination des supérieurs de ces établissements.
Supérieur du petit séminaire d’Alix (1809-1811)
Fondé deux ans plus tôt en 1807, le séminaire d’Alix se trouvait dans la vallée d’Azergues au dessus du village de Châtillon. L’abbé Delacroix sera supérieur pendant deux années scolaires.
Fin 1810, les relations de l’Eglise de France avec l’Empereur se détériorent  davantage après son divorce et son remariage avec Marie-Louise d’Autriche. Aussi, le gouvernement impérial, ne fut-il pas mécontent d’arrêter comme séditieux le supérieur du petit séminaire de l’Argentière.
Séditieux Monsieur Recorbet, car un des séminaristes avait pour oncle, un prêtre membre des « Chevaliers de la Foi », groupement extrémiste, clandestin, conquérant et chrétien, très actif sous la révolution et calqué sur la Franc-maçonnerie. Ce Royaliste ultramontain militant entretenait par son neveu des relations avec le supérieur. Des correspondances saisies amenèrent l’arrestation de ce dernier en janvier 1811. Transféré à Paris, interrogé, il est emprisonné et mis au secret. Le Cardinal Fesch protesta mais ne put obtenir son élargissement et il fut relégué à Nancy. 
Il fallait trouver un supérieur pour diriger à la place de M. Recorbet, ce petit séminaire de l’Argentière, collège de 400 élèves.
Supérieur du petit séminaire de l’Argentière (1811-1812)
Le petit séminaire de l’Argentière, implanté en vallée de la Brevenne, et déplacé plusieurs fois, finit ses jours à Oullins dans les locaux des Chassagnes.  N-A. Delacroix fut  supérieur pendant l’année scolaire 1811-1812. En fin d’année scolaire, au mois de mai, il organisa la première visite du Cardinal à l’Argentière. Il régla et prescrit tout dans le moindre détail, comme le raconte l’abbé Lyonnet :
« Le cardinal arriva dans tout l’éclat de sa grandeur dans son carrosse tiré princièrement par quatre superbes chevaux blancs. Les 400 écoliers étaient venus à sa rencontre et quatre d’entre eux, sans doute les premiers de la classe, furent chargés des compliments d’usage. Le premier, élève de rhétorique, le fit sous forme d’une ode poétique en français. Le second, élève d’humanité, plus novice dans l’art d’écrire eut recours à la langue d’Homère. Le troisième, plus jeune encore, emprunta son langage au charme de Virgile. Pour finir, arrive un enfant des classes élémentaires, c’est un jeune corse protégé du cardinal qui garde sa langue maternelle pour exprimer au prélat la respectueuse affection de tous les élèves.
Le Cardinal sensible à la finesse et l’ingéniosité de ces interventions, félicita le supérieur et assura les jeunes qui l’avaient complimenté combien son cœur avait été touché. »
En décembre 1811, un décret impérial exigeait la fermeture de tous les petits séminaires. De milieu 1812 à 1814, le séminaire de l’Argentière, comme tous les autres, fut fermé et les 1200 enfants scolarisés dans les petits séminaires du diocèse furent répartis entre les différentes écoles privées des grandes villes.
De nouveau disponible, l’abbé Delacroix continua son ascension au sein des séminaires en devenant directeur, en titre, du Grand Séminaire diocésain de Saint Irénée.
Directeur du Grand Séminaire de Saint Irénée (1812-1817)
Comment l’abbé Delacroix, pouvait-il prétendre, avec seulement trois premières années à Saint Sulpice au poste de directeur du Grand Séminaire du diocèse de Lyon, alors qu’en France tous les grands séminaires sont sous la direction des Sulpiciens ?
En fait, le décret impérial qui ordonna fin 1811 la fermeture des petits séminaires, enleva aussi aux Sulpiciens la direction des grands séminaires dans toute la France.
Les Sulpiciens furent remplacés à Saint Irénée par quelques jeunes prêtres diocésains, mais on se plaignait que les nouveaux directeurs fussent trop jeunes sans expérience, on les avait connus sur les bancs… C’est pourquoi, N-A. Delacroix d’Azolette, homme d’expérience venant d’Alix et de l’Argentière prit la direction, en titre, du Grand Séminaire Saint Irénée dès l’année scolaire 1812-1813.
Mais où était donc ce Grand Séminaire Saint Irénée ? A Lyon, place Croix Paquet dans le jardin entourant le funiculaire de la Croix Rousse (ligne C du métro). C’était une immense maison de trois étages, occupée pendant la Révolution, comme dépôt d’armes, puis ambulance militaire, pour finalement être affectée au ministère des finances. Le Cardinal obtint sa mise à disposition en novembre 1805 et il resta Grand Séminaire jusqu’à fin 1853 avec le jardin coupé par une belle allée de tilleuls, puis transféré place des Minimes, les bâtiments et la chapelle furent alors démolis. 
Nous résumons dans les histoires édifiantes ou vraies ce que vécut Nicolas Augustin Delacroix au grand séminaire de Saint Irénée, avec :
le Cardinal Fesch, 
le Curé d’Ars
La société des Pères de la Croix de Jésus.
Durant l’année 1816, Nicolas Augustin sacrifia son nom, ses convictions, sa tranquillité et tout intérêt personnel au diocèse de Lyon par trois fois :
D’abord le 26 février. Il achète en tant qu’ « homme de paille » du cardinal Fesch tous ses biens personnels pour les restituer neuf ans après, sans gloire, ni gain bien entendu, ni même reconnaissance particulière. 
Ensuite le 20 Mai.(cliquez ici) Il adresse une supplique demandant aux vicaires généraux du diocèse, en l’absence du Cardinal, l’autorisation, au nom de tous les associés, de créer la « Société des Pères de la Croix de Jésus » en souvenir de l’inspiration de M. Bochard du 28 juin 1814. Il n’est pour rien dans cet homonymat inattendu. Difficile à « vendre » néanmoins lorsque son rôle est de tester et recruter les séminaristes de Saint Irénée pour les engager dans une Société diocésaine qui porte son nom.
Enfin le 15 juin. Il est nommé « Préposé Général » de la nouvelle société sous réserve de l’accord du Cardinal en exil.  Quelques semaines après, cette nomination, vue officiellement comme honorifique, lui est enlevée pour être donnée à M. Mioland de neuf ans son cadet et il se retrouve à nouveau directeur du Grand Séminaire ; étant le seul prêtre du diocèse capable de maîtriser la fougue et l’agressivité des futurs prêtres devenus ultraroyalistes après l’arrivée de Louis XVIII.
En prenant cette décision, le Cardinal ne pouvait douter de la fidélité du directeur du Grand Séminaire, laquelle n’avait d’égale que la totale confiance qu’il lui portait.
Un an plus tard, fin 1817, l’abbé Gagneur, voulut terminer ses jours dans son pays à Poligny. On fit appel au directeur du Grand Séminaire pour reprendre la cure de Saint Bruno et en tant que curé et « propriétaire » veiller aux premiers pas de la « Société des Pères de la Croix de Jésus ».